潔凈室一般可分為兩類：工業(yè)潔凈室、生物潔凈室
工業(yè)潔凈室：
主要是控制無生命的微粒對操作對象的污染。主要應用領域有宇航工業(yè)，精密機械加工業(yè)、集成電路生產企業(yè)、膠片生產企業(yè)以及印刷企業(yè)等。
生物潔凈室又分為一般生物潔凈室和生物安全實驗室
一般生物潔凈室：
主要控制有生命的微粒對操作對象的污染。其壁面材料應能經受各種滅菌劑的侵蝕、內部一般保持正壓。其應用領域有制制藥企業(yè)、食品企業(yè)、疾病控制中心、醫(yī)療單位（潔凈手術室、制劑室、無菌配制室等）、實驗動物房、科研及教學實驗等。
生物安全實驗室：
生物安全實驗室又稱生物安全潔凈室，除了要求控制有生命的微粒對操作對象的污染外，還要求控制具有潛在危害的操作對象對操作人員以及周圍環(huán)境的污染。因此，在生物安全實驗室中壓差的控制更為重要，內部保持負壓。可用于細菌、病毒的分析研究以及基因重組、疫苗制備等生物工程。
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